Après la disparition des Vindice, l'Organisation des Nations Unis (ONU) en collaboration avec certains Parrains de la Mafia tels Sawada Tsunayoshi des Vongola, Cavallone Dino des Cavallone ou Kozato Enma des Simon, décidèrent de créer un groupuscule hors de la Mafia afin de reprendre le travail des Vindice.
C'est ainsi que la Section 66 est née, leur travail est de surveiller les activités mafieuses sur le globe et de punir les mafieux qui vont trop loin. Certains disent qu'une partie de la Section 66 souhaite s'émanciper du contrôle mafieux afin de tous les tuer, mais évidemment ce ne sont que des rumeurs.
Les membres de la Section 66 sont facilement reconnaissables. Ils possèdent tous un costume noir avec une cravate ainsi que noté quelque part sur leur corps ou vêtements (sur un brassard la plupart du temps) "66", en référence à leur section. La section 66 est, évidemment, partout sur le globe, mais nous nous attarderons uniquement sur le pôle japonais.
Parmi leurs nouvelles recrues se trouve l'Arcobaleno Verde qui vend aux Nations Unis et quelques particuliers qui y mettent le prix des Anneaux et Boîtes afin qu'ils puissent se défendre face aux Mafiosi.
Dû à la bataille des Vongola avec les Millefiore, là plupart des haut-gradés de la Section 66 a été dépêchée au Japon afin de contrôler au mieux cette guerre qui, selon eux, sera fatale et décidera de l'avenir du monde.